Varjas Béla alapította (1959) és haláláig (1985) ő szerkesztette a Bibliotheca Hungarica Antiqua sorozatot, amelyben 16–17. századi hungarica nyomtatványok látnak napvilágot fakszimile kiadásban, a kiadványt és szerzőjét tudományos igénnyel ismertető tanulmányokkal, angol, esetenként német és angol summázattal. A sorozat szerkesztője 1986-tól Kőszeghy Péter. Noha az elsődleges cél az irodalomtörténeti vagy könyvészeti szempontból kiemelkedő jelentőségű, sokszor csak egyetlen példányban létező munkák hozzáférhetővé tétele a kutatás számára, e bibliofil kiadványok számos esetben a nagyközönség érdeklődését is felkeltik. A jövőben az intézet évi egy-két kötet megjelentetését tervezi. Varjas Béla szerkesztésében jelent meg az első 12 kötet, a sorozat 2014-ben a 44. kötetnél tartott. 2000-től a kiadás társkiadója az OSZK, 2014-től az MTA Könyvtára.
A Bibliotheca Scriptorum Medii Recentisque Aevorum sorozatot 1992-ben bekövetkezett haláláig Pirnát Antal, majd Pajorin Klára szerkesztette. Jelenlegi sorozatszerkesztői: Békés Enikő és Szörényi László. Alapítója Juhász László volt (1930), aki 1946-ig közel 40 kötetet, illetve füzetet adott ki. Három évtizedes szünet után a Reneszánsz és Barokk Kutatócsoport új életre keltette Series Nova címmel. A BSMRAe célja elsősorban a középkori és kora újkori magyarországi és magyar vonatkozású latin nyelvű irodalom emlékeinek hozzáférhetővé tétele a tudományos kutatás számára. A korszak-meghatározás a magyarországi írásbeliség kezdeteitől a XVIII. század közepéig terjedő évszázadokra terjed ki, de egyedi elbírálás és döntés alapján felvehetők a sorozatba olyan későbbi (1844-ig, a latin hivatalos államnyelvként való megszűnéséig keletkezett) szövegek is, amelyek még szerves részét képezik a magyarországi latinságnak, s nem lezárt hagyományként tekintenek arra. A „magyarországi” jelző az egykori történelmi Magyarország (Magyar Királyság és kapcsolt részei, majd a török hódoltság és Erdély) területén íródott, vagy innen származó szerző által külföldön készített műveket takarja. A „magyar vonatkozású” kategóriába mindezeken kívül beletartozhatnak olyan művek, amelyek valamilyen szempontból jelentős (másolatok, kiadások bizonyította) magyarországi recepcióval rendelkeznek, vagy eleve magyarországi megrendelésre készültek; olyanok, amelyeknek egyetlen vagy legjobb kézirata magyarországi közgyűjteményben található; végül minden olyan, a nemzetközi neolatin filológia szempontjából jelentős mű, amelynek kutatója a magyar tudományossággal kapcsolatban áll, és a sorozat keretében kívánja azt publikálni. A „tudományos kutatás számára” biztosított hozzáférhetőség a kritikai kiadást jelenti – tehát megjelenhetnek a sorozatban mindazok a történeti (s főként irodalomtörténeti) szempontból jelentős, latin nyelvű munkák is, amelyeknek már volt korábbi, de nem kritikai igényű edíciójuk, vagy korábbi kritikai kiadásuk javítását új, fontos szövegforrás előkerülése teszi szükségessé. Az egyes kötetek bevezetései és jegyzetei latin vagy valamely modern idegen nyelven készülnek. Számos további mű kiadása van előkészületben, többek között Andreas Dudith levelezésének (7 kötet) közreadása (a Lengyel Tudományos Akadémiával együttműködésben), valamint Janus Pannonius összes műveinek kritikai kiadása.
A sorozat szövegkritikai szabályzata (Békés Enikő – Bene Sándor, 2014)
A Bibliotheca Unitariorum sorozat eredendő célja azoknak az eszmetörténeti szempontból kiemelkedő fontosságú nyomtatványoknak újra megjelentetése fakszimile kiadásban, amelyek az antitrinitarizmus jegyében születtek a 16–17. században, s amelyekből csupán egy-egy példány maradt fenn magyarországi vagy európai könyvtárakban. A sorozatot a Jan van Goudoever elnökletével működő és Amszterdamban székelő Fundation Bibliotheca Unitariorum adja ki, s a munkát egy nemzetközi tekintélyekből álló bizottság (International Advisory Council) irányítja. A sorozatot haláláig Dán Róbert szerkesztette, munkáját Fabinyi Tibor, majd Balázs Mihály vette át. Az 1582-ben napvilágot látott Defensio Francisci Davidis újrakiadását Balázs Mihály, az 1568-ban publikált De falsa et vera unius dei… cognitione újra megjelentetését Pirnát Antal látta el előszóval. A sorozat újabban már fontos unitárius kéziratok kiadására is vállalkozik, legutóbbi kötete Jacobus Paleologus Disputatio Scholastica című munkáját tartalmazza. E kötet Juliusz Domański és Lech Szczucki gondozásában látott napvilágot. A sorozat legújabb vállalkozása Kénesi Tőzsér János és Uzoni Fosztó István Historia ecclesiastica unitaria című kéziratos munkájának megjelentetése, amelyet Káldos János gondozott. Előrehaladott állapotban vannak a 3. kötet munkálatai is, amelyek a 16–17. század fordulójának antitrinitáriusaira koncentrálnak.
Bibliotheca Dissidentium Répertoire des Non-Conformistes Religieux des Seizième et Dix-Septième Siècles: A strasbourgi protestáns egyetemen Marc Lienhard professzor irányításával működő kutatócsoport (GRENEP) adja ki azt a sorozatot, amely bibliográfiákat közöl a 16–17. századi, vallási szempontból nonkonformistának minősülő, azaz az Európa-szerte bevett nagy felekezetek egyikéhez sem tartozó személyiségekről. Klaniczay Tibor kezdeményezésére 1984-től bekapcsolódtak a munkába a heterodox áramlatok magyarországi kutatói is. A vállalkozás magyarországi referense s az itteni személyiségeket feldolgozó kötetek gondozója Balázs Mihály lett. Eddig két magyarországi kötet jelent meg Ungarländische Antitrinitarier I–II. címmel, amely a korai antitrinitarizmus kevésbé ismert alakjainak (Arany Tamás, Basilius István, Császmai István, Egri Lukács, Elias Gczmidele) munkáit öleli fel. A második, teljes egészében Enyedi Györgynek szentelt kötet 1993-ban Káldos János összeállításában látott napvilágot.
Humanizmus és Reformáció: A reneszánsz-kutatás megszervezése, illetve a Reneszánsz-kutató Osztály létrejötte nyomán szükségessé vált egy olyan publikációs fórum, amely lehetővé teszi a magyarországi reneszánsz, humanizmus és reformáció kérdéseiről készült monográfiák és értekezések közreadását. Így indult meg 1973-ban Klaniczay Tibor szerkesztésében a sorozat. Köteteinek tematikája a lehető legváltozatosabb, de leginkább az eszme- és művelődéstörténeti tárgy dominál, különös tekintettel a reformáció irányzataira és a nyomában fellépő eretnekségekre. A sorozatban jelent meg a magyar reformáció nagy történetírójának, Zoványi Jenőnek a magyar protestantizmus 16. századi történetéről szóló posztumusz összefoglaló munkája. Az egyes kötetek függelékében számos fontos forrásszöveg is közlésre kerül angol, francia, német vagy olasz összegzéssel. Az irodalom- és tudománytörténeti kötetek a sorozat reprezentatív darabjai: Pirnát Antal műve Balassi Bálint poétikájáról vagy Klaniczay Tibor félbemaradt úttörő szintézise: A magyarországi akadémiai mozgalom előtörténete. A sorozat jelenlegi főszerkesztője Jankovics József.
A Studia Humanitatis könyvsorozat célja, hogy az egyetemes tudományosság számára hozzáférhető nyelven közreadja a magyar reneszánsz-kutatásnak azokat az eredményeit, amelyek nemzetközi érdeklődésre is számot tarthatnak. Műfaji tekintetben a kötetek nem egyneműek: van köztük egyéni monográfia, kollektív munkával készült tanulmánykötet, konferenciakötet, katalógus. A sorozatot haláláig Klaniczay Tibor szerkesztette, munkáját Jankovics József vette át.
A Régi Magyar Költők Tára, amely jelenleg három sorozatban jelenik meg, igen régi hagyományra visszamenő vállalkozás. Toldy Ferenc már a múlt század közepén előkészítette a régi magyar költészet összes emlékének közzétételét. Halála után Szilády Áron, majd Dézsi Lajos folytatta munkáját, s 1877–1930 között 9 kötetet tettek közzé: egyet a középkor, nyolcat a 16. század verseivel. Ezután a sorozat munkája hosszú időre abbamaradt, folytatása 1959-ben le is került a napirendről, s csak az 1980-as években teremtődtek meg a feltételek a munka újraindításához. A XVI. Század sorozat célja a 16. század magyar nyelvű költészetének teljességre törekvő közzététele. Balassi Bálint műveinek kritikai kiadása a sorozatból kiemelve, külön jelenik meg. A XVII. Század sorozatban 1959–1999 között 16 vaskos kötet jelent meg, amelyek a század költői emlékeit időrendben, illetve tematikus csoportosításban (szerelmi és lakodalmi költészet, szombatos és katolikus egyházi énekek stb.) tartalmazzák. Önálló kötetben teszik közzé egy-egy jelentősebb szerző (Szenci Molnár Albert, Szentmártoni Bodó János, Beniczky Péter és mások) összes verseit. A sorozat szerkesztője Stoll Béla volt, majd az ő nyugdíjba vonulása óta Jankovics József. A XVIII. Század sorozatot Bíró Ferenc alapította, 2003-tól Debreczeni Attilával közösen szerkesztették. A jelenlegi sorozatszerkesztők: Debreczeni Attila, Szilágyi Márton és az Intézet részéről Csörsz Rumen István. A szerzői életműkötetek (Kazinczy Ferenc, Totth István, Amade László, Ungvárnémeti Tóth László, Dayka Gábor, Földi János, Ráday Gedeon stb.) mellett egyes, kiemelkedő alkotások (Péczeli József: Henriás), valamint a szerzőhöz nem köthető közköltészet repertoárjának kiadása is a sorozat feladatai közé tartozik.
Régi Magyar Drámai Emlékek – XVIII. század. Magyarországon harmadfél évszázadon át, a 18. század végéig folyamatos színjátszás csak az iskolákban folyt. Ez nevelte, szórakoztatta a közönséget, formálta a drámaírókat, rendezőket és színészeket, ez készítette elő a 18. század végén meginduló magyar nyelvű világi színjátszást. Mindeddig azonban az iskolai színjátszás emlékeinek csak töredékét ismertük. Ezért vált fontossá a 17. századi anyagot publikáló kiadvány, az RMDE XVII. századi két kötete után a magyar nyelvű iskoladrámák hozzáférhetővé tétele. A sorozat alapító szerkesztői: †Varga Imre és Kilián István.
A Magyar Irodalomtörténet-írás Forrásai – Fontes ad Historiam Litterariam Hungariae Spectantes sorozat, melyben már több mint 13 kötet látott napvilágot, a magyar irodalomtörténet-írás publikálatlan vagy nehezen hozzáférhető forrásanyagát teszi közkinccsé a kritikai kiadás igényeihez közel álló, szakszerűen jegyzetelt és magyarázott kötetekben. Szerkesztője eredetileg Somogyi Sándor, Tóth Dezső, majd Lukácsy Sándor, akitől 1989-ben Dávidházi Péter vette át a feladatot.
Az Irodalomtörténeti Könyvtár könyvsorozat célja a magyar irodalomtörténet különböző kérdéseiről szóló nagymonográfiák kiadása. Az 1957-ben indult sorozat első tíz kötetét Sőtér István, majd a 11–28. kötetet az ő elnökletével egy szerkesztőbizottság (Béládi Miklós, Horváth Károly, Klaniczay Tibor, Szabolcsi Miklós) szerkesztette. 1972-ben az intézet átadta a sorozatot a MTA Irodalomtudományi Bizottságának, mely Czine Mihályra bízta a szerkesztést. Halála (1999) óta e sorozatszerkesztői tiszt nincs betöltve.
Az 1955 óta megjelenő Irodalomtörténeti Füzetek sorozat elsődlegesen a magyar irodalom történetével, kiemelkedő alkotóinak pályájával vagy pályájuk egy-egy részkérdésével, a magyar irodalom külföldi fogadtatásával, esetenként más irodalmak hazai recepciójával, verstörténeti és verstani problémákkal, magyar eszme-, sajtó- és kultúrtörténeti kérdésekkel foglalkozó, kisebb terjedelmű, a tizenöt szerzői ívet általában meg nem haladó monografikus jellegű munkák publikálásához biztosít teret. A jelzett tematikai körön kívül a sorozat, különösen a kezdeti időszakban, több filológiai dolgozat, illetve dokumentum-összeállítás megjelenését tette lehetővé. A sorozat szerkesztője 2012-ig Fenyő István volt, 2013-tól Fórizs Gergely látja el e tisztséget.
A Kortársaink sorozat, amelynek elindítója Béládi Miklós, az intézet főmunkatársa és Juhász Béla, a debreceni egyetem docense volt, a kortárs magyar írók életművének népszerű monografikus feldolgozására vállalkozott. A cél elérését némiképp megnehezítette, hogy a monográfiák tárgyválasztását olykor külső szempontok is motiválták. Az évek során a sorozat kötetei hozzájárultak a modern műelemző eljárások hazai meghonosításához. Béládi Miklós elhunyta után a sorozat szerkesztését Rónay László, majd 2008-tól Hafner Zoltán folytatja.
Az Új Magyar Múzeum sorozat 1956-ban indult, munkáját kezdetben szerkesztőbizottság irányította, majd a sorozatszerkesztői tisztséget Diószegi András és Vargha Kálmán, később Diószegi András és Illés László töltötte be. A 12. kötettől az egyedüli sorozatszerkesztő Illés László volt. A sorozat a 20. században keletkezett, nehezen hozzáférhető, főleg kéziratos és másodsorban sajtóban közölt anyagokat (írói dokumentumokat, kézirattöredékeket vagy variánsokat, naplókat, levelezéseket, emlékezéseket, kritikai megnyilatkozásokat) kívánta csonkítatlanul, széles jegyzetapparátussal a kutatók rendelkezésére bocsátani.
Az Irodalom – Szocializmus sorozat 1958-tól 1990-ig jelent meg 1973-ig Király István és Szabolcsi Miklós, ezután Illés László, valamint József Farkas szerkesztésében. Célja volt az 1945 előtti, nehezen hozzáférhető szocialista baloldali tematikájú irodalmi források közreadása, valamint az e kutatási területet feltérképező irodalomtörténeti és elvi-esztétikai tanulmányok kiadása.
Az Irányított Irodalom című sorozat célja, hogy az 1945-től 1990-ig terjedő időszak irodalmi és kulturális életének izgalmas és kevéssé ismert történéseit tárja fel, mindenekelőtt dokumentumok és interjúk közreadásával, de helyet ad szigorúan adatolt értelmezéseket tartalmazó köteteknek is. Eddig három kötetet sikerült kiadni.
A Res Publica Nostra sorozat (szerkeszti: Bojtár Endre) célja a legújabb tudományos eredmények publikálása a közép- és kelet-európai összehasonlító irodalomtudomány témaköréből.
